Si ve el mensaje de error 'MySQL Server has gone away', es posible que tu script no esté completamente optimizado y haga demasiadas conexiones a la base de datos. También puede ocurrir debido a cantidades excesivas de tráfico.
Otra causa probable de este problema pueden ser las consultas MySQL pesadas o lentas.
En cualquier caso, para resolver este problema, debe comprobar si tu base de datos está bien optimizada y tiene los índices configurados correctamente. Si estás usando un script de terceros, definitivamente deberías intentar contactar a los desarrolladores de scripts y pedirles ayuda en este asunto.