La razón más común para ver el error El servidor ha desaparecido es que se agotó el tiempo de espera de las consultas de MySQL. Eso puede suceder si estás utilizando consultas MySQL pesadas o muy largas. Intenta usar el comando mysql_reconnect antes de cada consulta.
En caso de que aún veas tales errores, te recomendamos que busques ayuda en sitios web como StackOverflow, donde miles de profesionales del desarrollo web comparten sus conocimientos.